雪见：Perl的模块有两类，一类是内置在Perl中的，比如小驼书中提到的CGI，File::Basename等，所以你无须另外下载安装这些模块即可使用它们；另一类则是与Perl相分离的，所以你要下载并安装才可以使用它们。很不幸，BioPerl属于后者。而且，安装过程对某些人某些电脑来说不是很容易。
首先，如果你恰巧跟上了因Ubuntu10.04的发行带来的Linux崇拜潮流，已经成功抛弃了Windows Xp转向Ubuntu的话，那么恭喜你，安装BioPerl和安装gimp之类的应用软件一样简单！ 😛 打开新立德软件包管理器，输入BioPerl搜索，出现的第一项就是（目前的版本是1.6.1），然后右键点击选择“安装”，系统就会自动把所有依赖的软件包全部安装上。怎么样，是不是很方便呢？而且将来某一天若BioPerl有了更新，可以很方便地使用新立德来升级。
当然，如果大家都这么方便的话，我就不用写这篇文章啦！对于使用其他Linux和Unix系统的人来说可能未必有这种软件包管理器（即使有，在软件源里也未必有BioPerl的安装文件）。但是所有的类Unix系统应该都支持“源代码编译安装”的方式（这是不少Linux高手自认为很酷的装软件方法，哪怕现在还有好多人在用。新手最好不要用，很容易出现问题）。
对于这些类Unix系统的用户来说，安装BioPerl和安装一些普通的软件方法是一样的，步骤是：
（1）下载BioPerl的源代码，并解压。我提供两个网址：
http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
（2）进入该目录，然后执行下列命令：
$ perl Build.PL
$ ./Build test
# ./Build install
注意：执行./Build install时必须要有系统管理员权限。
这种方法看起来好像挺简单的，但其实不太容易。因为BioPerl和许多其他模块有依赖关系，所以在安装过程中系统会反复询问你是否要安装XX模块。你最好要在连接Internet的情况下安装才行。如果你只想用BioPerl的核心模块，不想使用额外附加功能，可以选择不安装。但我不敢保证以后使用是否会出现问题。
如果你的英文水平还不错，请阅读以下文章：
http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows
如果你实在不想看英文，请跟着我走：
相信大多数Windows用户应该是使用ActivestatePerl的版本，首先确保它是最新的。安装BioPerl有两种方式：
（1）使用ActivestatePerl的PPM（Perl包管理器）来安装。这种方法速度很慢，如果你机器配置不够好的话只有等着死机。
（2）使用命令行模式安装。这种方法经过我测试，很稳定，强力推荐。注意安装全过程必须要有稳定的Internet连接
你需要执行的命令是：
C:> ppm-shell
(回车出现下一行)
ppm>
ppm> repo add http://bioperl.org/DIST
ppm> repo add uwinnipeg
ppm> repo add trouchelle
ppm> install BioPerl
注意看仔细了，别打错字母！
根据小驼书的说法，判断系统上是否已经安装了一个模块，可以尝试使用perldoc命令查看模块的文档。如果能够查阅它的文档，说明已经安装成功了，否则呢，还是自己找一下原因吧！
对于BioPerl来说，我们可以查看其中的一个模块的文档：
perldoc Bio：：Seq
不要自作主张地写成perldoc BioPerl ！找不到的！因为并不存在BioPerl.pm这种模块，它只是一个统称而已。对于Ubuntu用户来说，perldoc这个命令默认没有安装，自己手动把它安装上去即可。
BioPerl安家之后，我们就可以尽情地享受它带来的乐趣。
阿天：秋风吹，秋雨飘。2010年9月17日，秋天终于来啦！
清纯自然 