苏姐姐：或许在接触BioPerl之前你可能已听说过这个词，但却不明白它是做什么用的。其实，它的用途很简单：让我们的Perl程序读起来更生动一点儿，好听一点儿，易懂一点儿。没错，哪怕你不用BioPerl，同样可以完成相同的任务！而且可能执行的速度更快！但是这样一来，虽然便宜了机器，却苦了我们自己呵！ 😦
闲话休提，言归正传。我们来看一个“小驼书”中的例子（强烈建议你在学习BioPerl之前至少把小驼书啃十遍。BioPerl属于高级课题，若根基不稳，学起来是很痛苦嘀！）。
在变量$name中存放了一个文件路径名，请取出它的文件基名（basename）和目录名（dirname），再把它们重新连接成完整的文件名（咋一看这个操作很无聊，没关系，这只是个例子而已）。我们应该会写出这样的代码：
my $name=“/usr/local/bin/perl”;
(my $basename=$name)=~s%.*/%%; # 取出文件基名$basename
(my $dirname=$name)=~s%(.*)/.*$%$1%; # 取出目录名$dirname
my $filename=“$dirname/$basename”; # 将文件基名和目录名连接起来
(my $dirname=$name)=~s%(.*)/.*$%$1%; # 取出目录名$dirname
my $filename=“$dirname/$basename”; # 将文件基名和目录名连接起来
说实话，除非你是一等一的高手，否则没有人能一眼就看出来诸如s%.*/%%这样的代码究竟是干什么用的，除非你在旁边加上了详尽的注释，而且你的变量名称取得很有意义（好的Perl程序员一定会这么做）。而且你如果仔细读过小驼书，应该知道上面这段代码不仅难懂晦涩，而且还有BUG。事实上，文件名中是可以包含换行符\n的，所以，正确的写法应该是s%.*/%%s和s%(.*)/.*$%$1%s。不用说，这样一来就更难看啦！
好吧，下面我们换用模块试试：
use File::Basename;
use File::Spec;
my $name=“/usr/local/bin/perl”;
my $basename = basename $name;
my $dirname = dirname $name; #现在是动听的名字basename和dirname，而非枯燥的s%.*/%%
my $filename = File::Spec->catfile($dirname,$basename);
现在的代码看起来“好看”多了，我们几乎不用添加额外的注释，就能看出来第四、五、六行代码是干什么的。
当然，这样的“好看”是有代价的。
首先，你的“记忆力”要足够好。例如开头的use两句，你不能写成use Files::Basename或者use File::basename或者use Basename，那样程序在运行时会报错“找不到文件”，（别忘了虽然正则表达式可以模糊匹配，use语句的文件查找好像还做不到这一点），你只有精确地写出use File::Basename才行。此外，最后一句也不能写成my $filename = catfile($dirname,$basename); ，必须使用“全名”的方式来调用对象的方法才行。（由于“小驼书”中不提对象，而BioPerl中有N多的面向对象的模块。所以初学者会对 -> 这样的符号很困惑，请多看几眼哦！）不过，这里所谓的“记忆力”其实在学习一般的Perl编程也是用到的。你既然知道应该拼写成elsif而不是elseif，那么记忆像basename，dirname这样的函数名完全不会太困难！如果实在不想花时间记的话，就查阅文档吧！可惜大部分文档是英文的，若你恰恰英文水平不好的话，就麻烦了。
其次，程序加载额外的模块肯定要多费时间。如果程序只有几行（就像上面的例子那样），多费的时间应该不到1毫秒（我自己猜的，没有严格验证过哦）；但如果普通的程序要运行好几个礼拜的话（一般都是有大量的循环），那把它改成用模块编写的（偏偏不巧模块加载就在循环里面），虽然程序变得“好看”了，但却要多花费好几个小时来运行（我有亲身体会！）。
不过，话又说回来，程序运行慢，累的是机器；程序写得困难，累的是人。究竟你想累机器还是累人？应该具体情况具体分析！
最后，为以后要写的BioPerl说几句：
（1）我假设你已经熟读了小驼书，熟练地掌握了里面的所有内容。（很重要！Very Important！）
（2）你不需要看过羊驼书，哪怕你不了解“引用”和“对象”都没关系（其实我也不是很了解）。别忘了我们只是使用BioPerl模块，并不是去深究里面的细节。尽管大部分BioPerl模块都是面向对象的，没关系，尽管用吧！
（3）我们只强调“使用”，或许你希望能够修改模块的源代码以更适合自己的风格，但别人会误解的，会认为你是在错误地使用模块！
（4）我只写自己比较了解，亲身体验过的内容。要全面了解BioPerl，请查看它的官方教程http://www.bioperl.org/wiki/HOWTOs
my $name=“/usr/local/bin/perl”;
my $basename = basename $name;
my $dirname = dirname $name; #现在是动听的名字basename和dirname，而非枯燥的s%.*/%%
my $filename = File::Spec->catfile($dirname,$basename);
现在的代码看起来“好看”多了，我们几乎不用添加额外的注释，就能看出来第四、五、六行代码是干什么的。
当然，这样的“好看”是有代价的。
首先，你的“记忆力”要足够好。例如开头的use两句，你不能写成use Files::Basename或者use File::basename或者use Basename，那样程序在运行时会报错“找不到文件”，（别忘了虽然正则表达式可以模糊匹配，use语句的文件查找好像还做不到这一点），你只有精确地写出use File::Basename才行。此外，最后一句也不能写成my $filename = catfile($dirname,$basename); ，必须使用“全名”的方式来调用对象的方法才行。（由于“小驼书”中不提对象，而BioPerl中有N多的面向对象的模块。所以初学者会对 -> 这样的符号很困惑，请多看几眼哦！）不过，这里所谓的“记忆力”其实在学习一般的Perl编程也是用到的。你既然知道应该拼写成elsif而不是elseif，那么记忆像basename，dirname这样的函数名完全不会太困难！如果实在不想花时间记的话，就查阅文档吧！可惜大部分文档是英文的，若你恰恰英文水平不好的话，就麻烦了。
其次，程序加载额外的模块肯定要多费时间。如果程序只有几行（就像上面的例子那样），多费的时间应该不到1毫秒（我自己猜的，没有严格验证过哦）；但如果普通的程序要运行好几个礼拜的话（一般都是有大量的循环），那把它改成用模块编写的（偏偏不巧模块加载就在循环里面），虽然程序变得“好看”了，但却要多花费好几个小时来运行（我有亲身体会！）。
不过，话又说回来，程序运行慢，累的是机器；程序写得困难，累的是人。究竟你想累机器还是累人？应该具体情况具体分析！
最后，为以后要写的BioPerl说几句：
（1）我假设你已经熟读了小驼书，熟练地掌握了里面的所有内容。（很重要！Very Important！）
（2）你不需要看过羊驼书，哪怕你不了解“引用”和“对象”都没关系（其实我也不是很了解）。别忘了我们只是使用BioPerl模块，并不是去深究里面的细节。尽管大部分BioPerl模块都是面向对象的，没关系，尽管用吧！
（3）我们只强调“使用”，或许你希望能够修改模块的源代码以更适合自己的风格，但别人会误解的，会认为你是在错误地使用模块！
（4）我只写自己比较了解，亲身体验过的内容。要全面了解BioPerl，请查看它的官方教程http://www.bioperl.org/wiki/HOWTOs
清纯自然 